Praegu nime kandev kool on asutatud 1837. a Õisu valda Lolli tallu.
1842. a viidi kool üle Köönile.
1860. a viidi kool üle Õisu mõisa lähedale Kalvrele.
1871. a võttis mõisnik von Sievers Kalvre koolimaja valla käest endale ja andis vallale vastutasuks Kitsi talu maad, kuhu vald ehitas.
1872. a uue koolimaja, mis sai nimeks Peebu Kool.
1930. a kandis kool Õisu Algkooli nime, koolile tehti juurdeehitus.
1938. a pandi nurgakivi praegusele koolimajale, eelarve 85 000 krooni tolleaegses vääringus.
1939. a 3. detsembril pidulik avamine.
1962. a nimetati kool Paistu 8-klassiliseks kooliks.
1991. a oktoobrist kannab kool Paistu Põhikooli nime.
1. septembrist 2008. a sai Paistu Põhikool uue koolitusloa alus- ja põhihariduse andmiseks. Paistu Põhikool nimetatakse Paistu Kooliks.
